Michael Scofield是一头陷于绝境欲拼死一搏的怒狮，他的兄弟Lincoln Burrows几个月就将被以谋杀罪处以死刑，但Michael坚信他是被冤枉的。为了拯救了自己的手足，Michael抢劫了一家银行，因此而被与Lincoln关进同一所监狱-- 福克斯河州立监狱。作为一名建筑工程师，他对监狱的建设蓝图了如指掌，带着Lincoln逃出生天也成为Michael入狱的唯一目的。
年长的犯人改造官Bellick教会了Michael很多监狱的生存之道。后来，在狱友Sucre的帮助下，Michael开始与其他帮派广泛结盟，包括前匪首John Abruzzi，和声名狼藉的劫机犯Charles Westmoreland。在监狱外，Michael只有一个盟友--他的辩护律师和老友Veronica Donovan，她也是Lincoln的前女友。其间，Lincoln 15岁的儿子LJ，由于没有了Michael叔叔的正面影响而开始到处瞎混。其他的角色还包括监狱医生Sara Tancredi，囚犯Warden Pope，他伪装出与Michael几乎如同父子一般的关系。
Michael在监狱的日日夜夜，将一步步地发掘出一个使他陷入如此境地的惊天大阴谋……
分集介绍
第1集
迈克尔-斯科菲尔德在完成了最后一幅刺青第二天，持枪抢劫了一家银行。被捕后他非常合作地承认了罪行，法官因此同意了他的要求，判处迈克尔在芝加哥近郊的福克斯河监狱服刑五年。
迈克尔被安排在A楼40号牢房，室友菲尔南多-苏克雷自告奋勇向他介绍监狱的各色人物，但是迈克尔只想见到一个人：被判死刑的哥哥林肯-巴罗斯。但是要接近林肯就必须进入监狱工厂工作，而工厂掌握在昔日的黑帮老大、今日的监狱风云人物约翰-阿布兹的手中。
迈克尔告诉前来探监的律师维罗妮卡别在他的案子上耗费时间，林肯是被诬陷的，他没有谋杀副总统的弟弟，如果她仍念及昔日与林肯的恋情，就应该尽力查明事件真相。远在华盛顿特区，特别探员黑尔和克勒曼对林肯的死刑感到担忧，因为主教迈克莫罗打算替林肯争取缓期执行。
阿布兹接到手下传来的消息，有人知道了令他入狱的证人的下落，而在监狱的医疗室，萨拉医生发觉迈克尔对注射胰岛素的反应非常奇怪，迈克尔立刻要求犯人"便条"替他去弄伪装成I型糖尿病患者所需的药物。
迈克尔如愿进入了监狱工厂并见到了哥哥，林肯认为越狱是根本不可能的事情，迈克尔向他展示了隐藏在纹身中的秘密：福克斯河监狱的设计蓝图。
第2集
迈克尔向狱友暗示逃狱的计划，维斯特莫兰嘲笑他坐牢三天就想越狱，而且另一个危机正在迫近，福克斯河监狱的种族冲突已经一触即发。
迈克尔从手臂的纹身上抄下了"施韦策-艾伦11121147"这串文字，他找到了序列号为11121147的螺丝钉，但是旋下的螺钉被"背包"抢走并交给了跟班梅泰格。迈克尔告诉林肯他们将通过医院逃走，这就是他伪装成糖尿病人的原因。
蒂姆-吉尔斯向维罗妮卡出示了谋杀案现场的录像带，维罗妮卡绝望地看到林肯的确曾向车内的死者举枪，但是林肯解释说当时斯迪曼已经死了，他根本没有扣动扳机。而特别探员黑尔和克勒曼从蒂姆那里得知了维罗妮卡正在重新调查这个案子。
监狱暴乱中迈克尔趁机接近梅泰格抢回了螺钉，但是梅泰格在混乱中被刺身亡，"背包"把这一切归罪于迈克尔。迈克尔照着纹身上的图案把螺钉磨成了一把螺丝刀，用它拧开了盥洗设备的螺帽。
凭借药物迈克尔通过了糖尿病的测试，但是他获知自己患有糖尿病时如释重负的表情令萨拉医生疑惑不解。在回牢房的途中，狱警贝里克估计把他留给了阿布兹一伙人。阿布兹为了拷问证人斐波纳契的下落，命人剪掉迈克尔的脚趾。
第3集
萨拉-唐克瑞蒂医生为迈克尔包扎了伤口，但为了不影响他的越狱计划，迈克尔请求萨拉不要把这起事件报告为故意伤害。
林肯和迈克尔借工作的机会讨论挖掘的进度，迈克尔决定测试室友苏克雷能否保守秘密。苏克雷日夜思念着女友玛丽克鲁兹，他看到迈克尔将一部手机藏了起来，但在狱警贝里克的威胁下，他说出了迈克尔的秘密。谁知那部手机只是肥皂刻成的模型，愤怒的苏克雷被换去别的牢房，患有精神疾病的"铁丝"成了迈克尔的新室友。
由于忙于调查，维罗妮卡多次拒绝未婚夫塞巴斯蒂安的结婚要求，结果两人以分手告终。谋杀案唯一的线索兰迪卡遭到了绑架并被枪杀，维罗妮卡意识到自己面对着可怕的阻力。
阿布兹改变了策略，他替迈克尔摆平了一心报仇的"背包"。阿布兹追问何时能得到证人的下落，迈克尔回答："当我们越狱成功，你给我一架飞机，我给你斐波纳契。"
迈克尔趁夜深人静开始了挖掘，但他惊恐地发现"铁丝"正在看着他。"铁丝"平静地说，由于神经永久性受损，他从不睡觉。
第4集
患有精神疾病的"铁丝"持续拒绝服药，他对迈克尔身上的纹身产生了极大兴趣，不但四处尾随迈克尔，甚至撕扯衣服以临摹那些纹身。与此同时，苏克雷发现女友玛丽克鲁兹渐渐被追求者赫克托的谎言蒙蔽，他害怕当16个月刑期届满的时候，玛丽克鲁兹也许已经被夺走了。
迈克尔从监狱的储藏室和阿布兹那里得到了两种化学药剂，借注射胰岛素的机会将它们倒入了医院的下水道，两种药剂立刻发生了剧烈的化学反应，开始腐蚀水管。回到牢房的迈克尔故意将额头撞破，成功地把"铁丝"赶走，迎回了也迫切想越狱的苏克雷。
维罗妮卡向专门调查死刑案件的"公正工程"办公室救助，尼克帮助她发现了谋杀案背后牵涉到的利害关系。秘密探员黑尔和克勒曼寻机搜查了维罗妮卡的家，一张她与林肯、迈克尔的合影引起了他们的警觉。意识到迈克尔离奇的犯罪入狱的过程，秘密探员决定将迈克尔立即转移至别的监狱。
第5集
典狱管亨利-波普拒绝了迈克尔的迁移令，黑尔和克勒曼用一份机密文件"说服"了他。迈克尔、林肯、苏克雷和阿布兹聚集在工棚里核对越狱的细节，他们并不知道迈克尔的迁移令已经被批准。
迁移令虽然一时打乱了越狱计划，但在维斯特莫兰的指点下，迈克尔提出了正式申诉，这步棋为他们至少赢得了30天的时间。
维罗妮卡与尼克请专家芬克研究了谋杀案现场的监控录像带拷贝，芬克发现虽然像带的画面看不出剪辑的痕迹，但其中的枪声明显是后期伪造的。维罗妮卡两人感到非常鼓舞，他们立刻去申请调用录像带母带，但却被告知由于水管爆裂导致证据室一片狼藉，母带已经无法使用。
牢房坐便器后的通道已经挖穿了一部分，黑尔和克勒曼以波普私生子的秘密胁迫他毁掉了迈克尔的申诉书。与此同时，迈克尔在苏克雷和阿布兹的掩护下成功的预演了一次越狱过程，测出了越狱所需的时间和警方反应速度。
在被带出福克斯河监狱的最后一刻，波普出现留下了迈克尔，他决心向妻子坦白自己的往事。而在芝加哥的维罗妮卡发现录像带拷贝被盗，她把怀疑的目光投向了尼克。
黑尔和克勒曼向幕后老板报告了失败，那个神秘的女人命令他们把注意力转向林肯："除了电椅，干掉一个死囚的方式还有很多。"
第6集
迈克尔的挖掘工作遇到了的阻碍：一道坚实的水泥墙。虽然他有把握挖开它，但是一日多次的查房令他没有办法赶上预先计划的越狱日程。苏克雷提议挑起一场骚动，随之而来的防范紧闭期会带来充裕的时间，于是迈克尔设法使监狱的空调系统发生了故障。
维罗妮卡和尼克带着一个好消息来探视林肯，当初声称目击林肯谋杀的报警电话虽然是匿名的，但是尼克却发现它来自遥远的华盛顿，虽然这不足以延期死刑，但至少出现了一个调查的方向。
闷热的牢房终于引发了犯人的暴动，"背包"领着一群人遇见了林肯和新狱警鲍勃，为了保护一直对他非常亲切的鲍勃，林肯被"背包"打昏在地，鲍勃也被犯人们劫持。
为了加快进度，苏克雷和迈克尔一起进入墙洞挖掘，"背包"把打伤的鲍勃扔进了他们的空牢房，不巧的是鲍勃撞下了坐便器，"背包"由此发现了迈克尔的秘密。
迈克尔和苏克雷被响声惊动回到了牢房，阿布兹和"背包"建议干掉鲍勃灭口，迈克尔制止了他们。监视器上显示萨拉被一群犯人围堵在医院，迈克尔焦急万分地赶去救她。
苏醒过来的林肯十分担心弟弟的安危，一个名叫特克的犯人趁机把他引到了一间无人的黑屋。
第7集
监狱的暴动持续升级，迈克尔在通风系统中拼尽全力向医院方向爬去。犯人格斯向波普提出要尽快恢复空调系统，否则他们就对手中的人质鲍勃和萨拉下手。苏克雷再三警告"背包"不许伤害鲍勃，随即独自钻入墙洞挖掘。阿布兹第一次亲眼见到越狱的通道，他也加入到挖掘水泥墙的工作中。
伊利诺斯州州长，即萨拉的父亲带着军队来到了福克斯河监狱，他告诉波普自己根本不在乎要有多少犯人会在暴动中死亡，萨拉的平安是他唯一关心的事情。迈克尔终于爬到萨拉办公室的通风口，借着犯人焚烧纸张的烟雾，他把萨拉拉进了通风系统。
尼克和维罗妮卡到达了华盛顿，他们发现被害人斯迪曼的能源计划危及了石油业的各方利益，就在这时，他们接到一个威胁电话。
林肯在一片黑暗的蒸汽室与特克搏斗，最终特克失足摔下了20英尺的高台，但是他临死仍拒绝透露谋害林肯的动机。苏克雷和阿布兹合力打穿了水泥墙，越狱的目标越来越近了。
萨拉在迈克尔的帮助下从通风系统逃出了牢房区，暴动也渐渐趋于平静，但是"背包"不顾迈克尔和阿布兹的阻止，趁混乱刺死了鲍勃。
救护车内惊魂稍定的萨拉开始怀疑迈克尔为何对监狱构造如此熟悉。
第8集
狱警贝里克不顾一切地要抓住杀害鲍勃的凶手，"背包"威胁迈克尔和阿布兹，一旦任何人供出了他，他要做的第一件事就是透露越狱计划。阿布兹对迈克尔的计划表示了疑虑：他们可以通过墙洞潜入医院，但是单独关押在死囚区的林肯该怎么办？迈克尔设法说动维斯特莫兰在一间警卫室防火，当他们被派去清理火场时，借机挖开位于警卫室下方的排水沟。
回到洛杉矶的尼克和维罗妮卡还没开始调查，维罗妮卡的公寓发生了剧烈的爆炸，侥幸逃过一劫的两人放弃了报警的念头，躲进一处偏僻的小屋继续研究扑朔迷离的案情。林肯的儿子里杰与继父艾德里安生活在一起，秘密探员克勒曼突然出现在他们的住处，争斗中母亲丽萨和艾德里安都被枪杀，里杰赤脚跑出了家门，手中紧紧攥着拍下克勒曼照片的照相手机。
"背包"指使跟班切利诬告另一个犯人特罗基是杀害鲍勃的凶手，年轻的切利沉浸在深重的罪恶感里。
克勒曼和黑尔向副总统汇报行动结果，原来她是一切阴谋的背后主使。
第9集
从新闻中得知儿子里杰背负双重谋杀的罪名而出逃，林肯想起曾有人告诉他 "父子之中只能活一个"的威胁，他不顾一切的恳求波普准许他在监控下出狱寻找儿子，但对这样的请求，波普也无能为力。
一批新来的犯人抵达了福克斯河监狱，正当苏克雷饶有兴趣地观察着新人们，迈克尔眼睁睁得看到切利自杀但无能为力……而在监狱的另一角，有一些敏锐的眼睛注视着迈克尔等人的一举一动。
尼克告诉维罗妮卡虽然调查充满了危险，但是他们不能再躲着浪费时间，他决定先去找被害人的遗孀，斯迪曼生前的最大的敌人一定就是这些事的幕后主谋。
新入狱的混血儿图纳在狱中受到黑人和白人双方的排挤，"背包"借机不怀好意地接近了他。阿布兹多年以来的威信第一次遭到的动摇，由于迟迟无法得到证人的下落，黑帮指定同牢房的格斯接替了他的位置，他对狱警贝里克的月供由此中断，监狱工厂也不再由他控制。
林肯终于得到了儿子传来的消息，利杰摆脱了秘密探员的追杀，和维罗妮卡走到了一起。
第10集
阿布兹敦促迈克尔尽快透露证人斐波纳契的下落，否则他们无法利用监狱工厂的工作来掩护他们的越狱行动。迈克尔的道德心经受着煎熬：为了挽救兄长，是否能够就此危及另一个无辜的人的生命？
秘密探员黑尔和克勒曼接到了副总统卡罗琳的电话，她对两人的工作相当不满，一个名叫奎因的人将来指导他们的行动。克勒曼愤怒的当面指责副总统不该让奎因插手斯迪曼的谋杀案，因为他所代表的"公司"的势力远超过副总统，甚至白宫的势力范围。
迈克尔被胁迫说出了斐波纳契的下落，阿布兹由此重获监狱工厂的管理权。菲利普-法尔佐内带领人马前往加拿大谋杀斐波纳契，没想到成群的警察已经恭候多时。
迈克尔、苏克雷、阿布兹基本挖穿了警卫室废墟下方的排水沟，一直偷偷观察他们行动的"便条"突然出现，迫于情势，迈克尔的越狱队伍又多了一个人。
维罗妮卡通过聊天软件回复了前未婚夫的问候，但是在因特网的另一端，塞巴斯蒂安早已中弹身亡，奎因利用网络已经追踪而至。
第11集
迈克尔等人的挖掘工作仍在继续，"背包"无谓地挑起与"便条"的种族仇恨，这时望风的苏克雷警告大家狱警来了。狱警的目标是找迈克尔，在众人诧异的目光中通知他"斯科菲尔德太太"来访。迈克尔在独立的夫妻探视室见到了妮卡，她交给他一张信用卡。维斯特莫兰被告知女儿患上了食道癌，只有几周的时候了，但是法庭不允许他出于探望，除非是参加葬礼。绝望的维斯特莫兰找到了迈克尔，他要加入他们的越狱计划。
尼克告诉维罗妮卡事态的发展早已出乎意料，斯迪曼谋杀案的真相不但关系到林肯的生死，而且有证据表明副总统从斯迪曼的能源研究计划中挪用了数百万资金用于选举。正在此时，奎因闯入了他们的藏身之处，尼克被击伤，维罗妮卡和里杰艰难地挣脱捆绑逃入了丛林，并把追踪而来的奎因骗入了一口深井。
四天之后就是预定越狱的时间，但是迈克尔却心事重重，他告诉林肯经过精确的时间计算，一共有13分钟用来逃脱，每个人要花去2分钟，但是现在他们却总共有七个人。
第12集
"便条"偷听到迈克尔与林肯的谈话，他告诉阿布兹和苏克雷将有一人被排除在越狱计划之外，阿布兹决定除掉不断惹事生非的"背包"。
维罗妮卡将失血过多的尼克送入了医院，里杰在报纸上看到母亲葬礼的公告，他偷偷溜出医院。探员黑尔守候在墓地，里杰进入了他的视线，克勒曼在电话中指示黑尔跟踪里杰以找到维罗妮卡，但是看着里杰在母亲棺材边痛哭的样子，本已动摇的黑尔内心越发痛苦。
在"便条"的挑拨下，苏克雷对迈克尔的计划疑虑重重。阿布兹命令手下抓住了"背包"，不曾料到却被他用剃刀割开了喉管。
维罗妮卡突然接到一个神秘的电话，黑尔在电话中说如果她愿意为救林肯而继续冒险，那么当晚去高地咖啡屋，他掌握着一些有用的信息。
迈克尔完成了越狱计划的准备工作，所有的管道都已经打通，这时在地面上，望风的林肯发现狱警高里向警卫室废墟走来，为了赢得时间让迈克尔爬出坑道，林肯向高里的脸上打去。
迈克尔爬出洞口后高兴地告诉大家今晚就是预定的越狱时间，但是与此同时，林肯正被两个狱警拖向单独紧闭室……
第13集
受伤的阿布兹被一架医用直升飞机接走，前往芝加哥进行救治。"背包"庆幸少了一个越狱者，"便条"补充说，少了两个人。此时遭到毒打的林肯被高里拖进一间单独的囚室并锁在铁门上。
迈克尔打听林肯的下落，波普告诉他，林肯被执行死刑前他们不可能再见面。迈克尔表示暂缓越狱计划，他要先救出林肯，遭到其他越狱者的强烈反对。
漆黑的囚室里林肯绝望地等待着命运的降临。尼克告诉维罗妮卡，林肯的案子也许会有转机，于是她建议将他们的发现公诸与众。
迈克尔用刀片割开纹身，从伤口里取出一枚黑色药丸。林肯收到迈克尔托牧师转交给他的念珠，里面藏有药丸和一张纸条"八点十分吃下去"。在警卫室干活时迈克尔故意砸坏水管，为越狱争取了更多时间。
林肯吞下药丸后在痛苦挣扎中失去意识，被送进医务室。同时迈克尔等人也开始行动，他第一个跳进洞中。黑尔准备向维罗妮克说出真相却被不速之客打断，躲在一边的她亲眼看见他死在坎勒曼的枪下。
迈克尔遇到意外的问题，他动手脚腐蚀过的那段管道被更换过了。迈克尔听见林肯的声音，开始疯狂地撬别管子，陷入绝望的他宣布他们逃不出去了，这时"背包"递上一把刀子"你能让我们出去"。
第14集
绝望的"背包"拔出刀子威逼迈克尔，一定要带他们逃出监狱，但是新更换的管子把他们与病房中的林肯相隔开来。
林肯向走进房间的萨拉解释自己想吐才下了床，随后进来的狱警把他铐在床上。贝里克赶往警卫室看到刚刚钻出地道、若无其事的迈克尔等人，他满腹狐疑却没有发现破绽，只得命令他们几人回牢房。
迈克尔在医务室见到了萨拉和另一个房间里的林肯，他希望萨拉能和父亲谈起此案，为林肯洗刷冤情，萨拉表示无能为力。尼克和维罗妮卡设法说服书记官安排法官听取他们的申诉。
放风时，维斯特莫兰一番话让迈克萌生新的念头，让电椅短路，就可以争取3周的时间。一边的特维纳偷听到了只言片语。迈克尔在苏克雷的掩护下，进入地道捉了一只老鼠，随后潜入另一条管道。特维纳向贝里克提到电椅，引起他的警觉，随后的检查中发现高压线路上有一只死老鼠，保险丝因此被烧毁。
法庭上因为缺乏实质性的证据，维罗妮卡和尼克的慷慨陈辞未能说服法官。迈克尔受命去见林肯刑前的最后一面，他十分震惊。萨拉去找尼克和维罗妮卡，拿到林肯一案的材料去找父亲、州长Tancredi，要他仔细看看。行刑的时间到了，慑于副总统的权势，州长打来电话，林肯不得赦免，最后一丝希望也破灭了。维罗妮卡和迈克尔在黄线后先后与林肯拥抱道别，眼睁睁地看着他被带往行刑室。
第15集
千钧一发之即，林肯的死刑被暂缓，原来发现了新的证据，凯斯勒法官决定暂停死刑。林肯很肯定地告诉迈克，他在观刑室看见了离家近30年的父亲。
副总统命令特工凯勒曼和萨曼莎查出谁走漏了情报，让林肯逃过一劫。凯斯勒法官顶住副总统的压力，坚持要对泰伦斯开棺验尸。迈克尔不愿坐等调查结果，准备继续越狱计划，与上次不同的是，改从与医务室共用一根管道的精神病人区逃走。
副总统在媒体上严厉抨击法官和维罗妮卡的验尸举动，同时，泰伦斯的棺木被掘出装上汽车。因为尸体高度腐烂，法医提取了牙模与泰伦斯以前的进行比对，结论为两者完全相同。
警卫室墙壁塌出一个大洞，迈克尔等人百般掩饰才瞒过了贝里克。林肯躺在单人囚室里，回忆起儿时与父亲看球赛的经历，猛然想起一个熟悉的名字。迈克尔在苏克雷的帮助下，搞到一身狱警的衣服，钻进地洞熟悉新的路线。通过蒸汽室时他被烫伤，衣服粘在身上，回到囚室只能烧掉了。医务室里，护士告诉萨拉，迈克伤口上的衣物纤维属于警服。迈克告诉苏克雷，精神病区部分的管道图被烫毁了。
第16集
三年前，一个叫博的男人替林肯偿还9万元的债务，并以此为条件要他为自己杀一个人——泰伦斯。迈克尔与维罗妮卡酒醉之下险些越轨，林肯打来的求助电话惊醒两人。林肯要动手时发现目标已经死在车里，他被人陷害了，逃离现场的时候他碰到了苏克雷和他的西班牙家人。
迈克尔从维罗妮卡那里得知，林肯为了供自己读书才欠下重债，十分震惊，并决心为哥哥洗脱罪名。林肯被判定有罪，迈克尔听说他将被转往fox river监狱接受死刑后，从公司偷来施工图纸，将蓝图完全纹在自己身上。
在科威特战争中，美国大兵"便条"弗兰克林因为揭露发上司虐囚反被以"黑市交易"为名开除，回国后找不到工作，无所事事的他只能走上犯罪道路，案发后还要想尽一切办法瞒过妻子和女儿。
深陷情网的苏克雷为了给玛莉克鲁兹买戒指，铤而走险，再次持枪抢劫商店，却落入表哥海克特的陷阱当场被抓。
处于毒品亢奋中的萨拉与男友柯林目睹一起车祸，面对伤者她却无能为力，十分内疚，此后她决意戒除毒瘾，并经贝里克的介绍，准备去fox river监狱应聘医生一职。副总统与泰伦斯在蒙大拿的一处隐秘住所会面，失去一口牙齿的他抱怨自己受的罪太大。
迈克尔穿起最好的西装，拿着一把枪离开了寓所。
第17集
萨拉向波普报告了警服的事，他很清楚她话中的暗示。迈克尔在囚室中苦思冥想，试图回忆起被烫毁的管道部分，却毫无头绪。
正在干活迈克尔等人从狱警帕特森嘴里得知，明天贝里克请来的专业人员将接替他们，继续铺设室内地毯。迈克尔决定用速干水泥把洞口封住，等越狱时再砸开。正打算动手时，狱警让迈克尔去见波普，并要其他人一起离开。林肯的死刑被推迟至一周后的周五午夜，此前他还是不能出去见任何人。
尼克、维罗妮卡和利杰回到奎因丧命的井旁，利杰从他的尸体旁捡回一只手机，并发现井壁上的两个人名。
面对波普的盘问，迈克尔拒不开口被关进禁闭室。他把衣服撕成布条想继续拼出地图，大脑中却一片混乱，悲愤之下他猛击砖墙，弄得满手是血。
"便条"、"背包"和维斯特莫兰等人要苏克雷晚上去封住洞口，他权衡再三，提出要"背包"帮他的忙，从另一名性变态的犯人那里弄来一条女人内裤。当夜苏克雷从地道潜入干活的警卫室，一通忙碌，返回囚室时他在院中被发现，他以内裤为幌子搪塞过去，贝里克信以为真，只把他关了禁闭。见迈克尔受伤，狱警叫来了萨拉。
利杰从网上搜到了O. Kravecki的名字和电话，打过去后听到特工坎勒曼的留言应答。他找到Owen Kravecki的家，未久坎勒曼进了门，利杰开枪把他打伤，自己也被警察逮捕。得到图纳密报的贝里克搜索警卫室，掀开地毯却一无所获，作为惩罚，他把图纳和另一个变态的犯人Avocado关在一起。
迈克尔在精神病区的电视室遇到以前的室友——对他纹身极感兴趣的"铁丝"，可是铁丝似乎不记得他了。
第18集
迈克尔努力启发"铁丝"，希望借助他的记忆复原被烫毁的部分管道图。"铁丝"慢慢想起以前的事，迈克尔教他用催吐法躲过了每天必服的镇静药。
迈克尔留在精神病区，苏克雷关在禁闭室，贝里克和高里决定"拍卖"他们的囚室捞取好处。一个犯人愿以200美元的价格搬入，高里答应24小时内找人修好漏水的马桶，"背包"听见他们的话，赶紧去找维斯特莫兰和"便条"商量对策，他们决定不惜一切代价买下入住权，贪婪的高里把价码提高到500元。
林肯得知儿子利杰被捕后，坚持要亲自劝说儿子听从维罗妮卡的安排，她答应替他申请。雄风不再的"便条"不但没弄到钱，反而遭到另一帮黑人的暴打，"背包" 表示他可以通过赌搏赚钱。"铁丝"想起了地图，也想起迈克尔陷害他的事，迈克尔答应越狱时带他一起走。洗衣房的曼奇看见迈克尔背部的伤口，联想到苏克雷归还的警服。
在一家电器商店，一名男子叫尼克"萨维恩"，并提醒他不要忘了自己的职责，随时保持联系。坎勒曼告诉副总统，林肯的死刑计划遭到他父亲的出面干预，副总统决定瞒过公司，继续解决掉林肯。
"背包"和"便条"在牌桌上大获全胜，可是高里又把价格涨到700，得到维斯特莫兰的怀表后，他卑鄙地出尔反尔，"便条"等人七窍生烟却无可奈何，得知越狱计划的曼奇表示他有办法让迈克尔回到囚室。林肯获准去见利杰，波普告诫他不要节外生枝，林肯保证他不会惹事生非。
迈克尔告诉典狱长波普，背上的烫伤是高里勒索未果后留下的，波普将信将疑，亲自搜查高里的衣柜，找到了一卷钞票和怀表及烫坏的警服，高里终于恶有恶报，被赶出监狱。迈克尔重新回到阔别的囚室。
运送林肯的警车在半路上被一辆巨型卡车撞翻，车内的人生死未卜。
第19集
翻车后林肯被甩出车外，头破血流，多处受伤。特工坎勒曼驾车出现，准备捂死无力反抗的他。另一个男人出其不意地打晕坎勒曼，拖走了林肯。
苏克雷被放出禁闭室，越狱小组重新聚首，迈克尔告诉他们医生办公室是他们出逃的必经之路，一定要拿到房门钥匙。这时约翰-阿布兹伤愈归来，一副虔诚信徒模样的他告诉迈克尔仍然愿为越狱提供飞机。
贝里克说服波普向上瞒住林肯失踪的事，自行展开追踪。昏迷不醒的林肯被神秘男人带到废旧车处理场藏起。
医务室里迈克尔出其不意吻了萨拉，但面对她的质询，他始终无法下手偷得钥匙。醒来的林肯认出了眼前的男人正是他的父亲。父亲告诉林肯，自己为掌握国家大权的"公司"工作，他们为了阻止他离开，故意陷害林肯。维罗妮卡查阅了奎因的通话纪录，对蒙大那的一个号码产生怀疑。
阿布兹来找"背包"，表示愿意勾销"刀片割喉"的旧帐，"背包"将信将疑，充满戒备。图纳不堪忍受同室犯人Avocado的性侵害，用刀片将其划伤。妮卡和萨拉在餐厅谈话，下手偷走了她的钥匙，趁探监时交给了迈克尔。
林肯和父亲的谈话中泄露了"公司"更多的内幕，父亲表示将会和他一起拨乱反正，两人打算离开时，坎勒曼和警察闻讯而至，包围了旧车场。坎勒曼发现林肯，正欲对他动手，林肯向贝里克自首，父亲悄悄离开。
萨拉发现钥匙不见了，很快怀疑到迈克尔身上，当着他的面，她要工人换掉了门锁。林肯被押回监狱，波普命人24小时监视他。图纳为保命，向贝里克告发迈克尔等人的越狱计划，震惊的贝里克砸开警卫室的地面，发现了洞口。
第20集
贝里克发现迈克尔等人挖的地洞惊骇不已，猝不及防间突遭威斯特莫兰的袭击，一番打斗后他被捆住扔进地道，受伤的威斯特莫兰告诉迈克尔，必须在今晚警卫发现贝里克失踪前逃走。迈克尔立刻布置下任务，各人分头行动，如何把24小时受到监控的林肯弄出来成了最大的障碍。
迈克尔向萨拉坦白越狱计划，请求她帮一个小忙，下班时别锁办公室的门。萨拉无法说服自己告发迈克尔，矛盾不已、进退两难的她，提前离开办公室作为逃避。副总统办事不力，遭到幕后支持者的斥责和威胁。
阿布兹打电话通知狱外同伙准备好飞机，并透露只有三个人能成功逃脱。
维罗妮卡查出蒙大拿神秘电话的地址与泰伦斯的公司有关，卡准备亲自去一趟，尼克同时接到阿布兹的电话指令。贝里克恢复意识后，拼命想挣脱绳索和胶带。
众人得知图纳也要和他们一起越狱表示强烈反对，但面对迈克尔坚决的态度只得作罢，"便条"把"背包"的刀子交给迈克尔，提醒他注意"背包"和阿布兹。迈克尔从泰姬陵上偷拿下一块支柱，他得到波普的许可在禁闭室看望林肯，发现林肯被锁在墙壁上，寸步难行。
萨拉从电视上得知父亲有望成为副总统的竞选人，而他对林肯死刑的坚决态度也被特别提到。
迈克尔要苏克雷用"便条"偷来过氧化物漂洗蓝色的囚服。毫无逃跑打算的图纳得知室友Avocado当晚要回来，终于下定了决心，开始做准备。各人怀着不同的目的，紧张等待最后时刻的来临。
尼克终于现出本出面目，把枪口对准正要出门的维罗妮卡，如梦方醒的她痛骂他是懦夫。
波普打算送给妻子作礼物的泰姬陵突然倒塌，他立刻召人去找迈克尔，这时警卫向他报告，贝里克失踪了。波普的办公室里，迈克尔拔出小刀，告诉波普他要越狱，而且带着林肯一起走。
第21集
狱长被Michael软禁在旁边一个房间，Michae胁迫他打电话通知狱警将Linc送进医务室，剩下那些准备越狱的人7点在迈克尔的牢房里面集合。向Bellick告密的两面派这次向Micheal保证他的对Michael的忠诚并参加到越狱行动中来。在监狱外，
Sara终于做出决定，不锁上医务室的门，以便Michael越狱时进入医务室。Michael等所有参与越狱的人经过管道在医务室里面遇到了那个精神病Haywire，他通过记忆也到管道里面来了。
Bellick的同事发现他的车在停车场，开始到处搜索并在底下管道找到了他，Bellick组织了一个搜捕小组开始搜捕行动。
所有参与越狱的人，除了威斯特莫兰因伤重无法行动被迫留下，曼奇因为体胖扯断了翻墙的绳子，其他人都最终越过了围墙。
第22集
监狱高墙上探照灯全部亮起，曼奇被迫供出逃跑人员名单，得知他们越狱成功，其他犯人欢声雷动，大肆庆祝。
贝里克被救出后，立刻率领人马杀气腾腾地开始追踪越狱者。狱长波普着手调查，他怀疑出了内奸。维罗妮卡到达蒙大拿，驱车前往查到的电话地址。
越狱一行人找到阿布兹派人安排的汽车前，略施小计，扔下"铁丝"扬长而去。阿布兹在车上要对付"背包"，他却早有预防，把自己和迈克尔铐在一起，并吞下钥匙，阿布兹投鼠忌器，只得暂时放过他。为了绕过警方检查，车子陷在泥地里动弹不得，他们只能弃车行而，迈克尔赶走了图纳。同时，贝里克发现了停车的地方和图纳的手印。在波普的追问下，凯蒂最终说出萨拉对迈克尔有好感。
迈克尔等人躲过了直升机的搜寻，来到一处农家小屋，发现这里有汽车却没有发动机。铁丝"借走"了一辆自行车继续逃亡。贝里克找到丢弃的汽车，很有把握他们没走远。等候阿布兹的飞机引起了管理员的怀疑，叫人查询其底细。
苏克雷等人按倒"背包"，想剪开手铐未果，阿布兹操起斧子，砍断了"背包"的手，其他人目瞪口呆，越狱小组又甩掉一人。公司决定用一种毒药除掉成为障碍的副总统，总统却意外身亡，副总统大难不死，顺理成章接替他登上宝座。芝加哥警察破门进入萨拉家，发现她注射了过量吗啡，倒在沙发上人事不省。维罗妮卡摸进房子，出现在被林肯"杀死"的泰伦斯面前。
剩下的五人突破警方防线，向飞机奔去，快到跟前时，等不及的飞机终于起飞，从他们头上呼啸着掠过。发现踪迹的警车正向他们飞驰而来，五人只能继续奔向夜色茫茫的旷野。
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